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南方醫科大學擁有國家、省部級科研平臺86個，其中含國家重點實驗室、國家臨床醫學研究中心、全國科普教育基地、國家國際科技合作基地和國家創新人才培養示范基地一個；擁有國家自然科學基金創新研究群體和科技部重點領域創新團隊各1個，教育部創新團隊2個。